Från början av 1880-talet hade kvinnliga och manliga folkskollärare varit organiserade i Sveriges allmänna folkskollärarförening (SAF). Männen var den dominerande gruppen till numerär och inflytande. Manliga och kvinnliga folkskollärare hade formellt haft någorlunda lika villkor under 1800-talet, men 1906 godkände riksdagen ett förslag som innebar att lärarnas löneökning differentierades baserat på kön. Löneregleringen avsåg bland annat att öka yrkets attraktionskraft bland männen, eftersom man befarade att yrket höll på att feminiseras. Folkskollärarinnorna inom SAF ansåg att deras manliga kollegor inte gjort tillräckligt för att främja lärarinnornas intressen, vilket föranledde dem att bilda en egen organisation för att bättre bevaka sina angelägenheter.
Folkskollärarinneförbundet bildades för att tillvarata fackliga och professionella intressen. Förbundet målsättning var att ”befrämja enig samverkan mellan landets folkskollärarinnor för tillvaratagande av pedagogiska och ekonomiska intressen”. Målsättningen medförde att en lång rad frågor drevs inom förbundet. Naturligt nog var löne- och pensionsfrågor centrala samt frågor som rörde andra yrkesförmåner, men även befordrings- och undervisningsfrågor. När det gällde befordringsfrågor ville förbundet göra det möjligt för kvinnor att inneha befattningar såsom överlärare, undervisningsråd och folkskolinspektör, vilket då inte var möjligt. I undervisningsfrågor ville förbundet stimulera till yrkesutveckling genom pedagogisk offentlig diskussion och fortbildning av lärare. Andra angelägna frågor var sjukfrånvaro och tjänstledigheter i samband med förlossning.
Kvinnliga medlemmar i SAF hade sedan 1890-talet haft egna lokala möten ibland annat Göteborg och Helsingborg, vilket gjorde att det fanns ett löst sammansatt nätverk av lärarinnor runt sekelskiftet 1900. Under förbundets första år rekryterades dock blott nio procent av folkskollärarinnorna till SF. Men anslutningsgraden ökade och i början av 1950-talet var knappt 93 procent anslutna.
Folkskollärarinneförbundet var under 1900-talets första decennier ett av flera organisationer för kvinnor och mellan dessa fanns utvecklade kontaktnät. Det låg i folkskollärarinneförbundet intresse att förbättra kvinnors villkor mer generellt och samarbetade därför med bland annat Fredrika Bremerförbundet, Föreningen för kvinnans politiska rösträtt (FKPR) och de kvinnliga kårsammanslutningarnas centralråd. Det var genom samverkan med andra kvinnorörelser, upprop och skrivelser till regering och riksdag samt genom att väcka frågor inom SAF (dit många folkskollärarinnor också var anslutna), som förbundet försökte genomföra sitt program. Förbundet startade också en egen tidning, Lärarinneförbundet, för intern och offentlig opinionsbildning. Tidningen utkom, under varierande namn, åren 1914–1956.
Principen om lika lön för folkskollärarna återställdes i det allra närmaste av riksdagen 1937 och fullbordades ett årtionde senare. I och med denna förändring inriktades förbundets verksamhet till andra områden. Under 1950-talet och 1960-talets inledande år behandlades många frågor som föranleddes av planeringen av grundskolereformen. Förbundet var bland de andra lärarorganisationerna viktiga aktörer i sjösättandet av den nya enhetsskolan. SF deltog exempelvis i överläggningar om betänkanden, B-klassernas fortsatta existens under grundskolans form, högstadiets utformning och frågor som rörde speciallärare.
År 1963 gick förbundet samman med Sveriges folkskollärarförbund och bildade Sveriges Lärarförbund (SL).